Programom prirodoslovno-matematičke gimnazije učenike od prvog razreda temeljito i kvalitetno pripremamo za državnu maturu, a istovremeno i za upis na fakultet po vlastitom izboru.
Nastavni plan i program prirodoslovno-matematičke gimnazije naročito je usmjeren na stjecanje znanja i vještina u području matematike. Rezultati ispita državne mature ukazuju na probleme učenika u Republici Hrvatskoj u savladavanju sadržaja iz matematičkog područja, stoga usmjerenost našeg programa na matematičko područje omogućava učenicima uspješno rješavanje državne mature i upis na željeni fakultet.
Nastava informatike kroz sve četiri godine također je prednost našeg programa u odnosu na slične programe na tržištu.
Prirodoslovni dio programa pruža učenicima mogućnost praktične primjene teorijskog znanja kroz laboratorijske vježbe iz fizike, kemije i biologije. Takav pristup prirodoslovlju suhoparnu, apstraktnu i teorijsku nastavu pretvara u zanimljivo, cjelovito, iskustveno učenje.
III. gimnazija je škola prirodoslovno-matematičkog usmjerenja.
Predmeti koji se uče kroz sve četiri godine obrazovanja su: hrvatski jezik, 1. strani jezik (engleski), 2. strani jezik (ovisno o programu), povijest, geografija, matematika, fizika, kemija, biologija, informatika, tjelesna i zdravstvena kultura, i etika, odnosno vjeronauk, ovisno o odabiru učenika. U prva dva razreda tim predmetima dodaju se: glazbena i likovna umjetnost te latinski jezik. U trećem razredu to su sociologija, psihologija i logika, dok su u četvrtom to filozofija te politika i gospodarstvo. Tjedna satnica je kroz sve četiri godine jednaka, te iznosi 33 nastavna sata.